Non usare la moto in quelle condizioni,montando lo scarico hai smagrito la carburazione a livelli indecenti fai seri danni,quindi o rimonti tutto originale oppure rimappi la moto.

Non conosco lo spessore dei collettori della tua moto, ma se diventano incandescenti "dopo pochi secondi" hai seri problemi di carburazione (magra) o anticipo di accensione...

Dirò una stupidata, ma per me, se dopo si normalizza, è voluto.
Ovvero, anche grazie a quell'aggiornamento, la centralina cerca di portare il motore il più rapidamente possibile in temperatura (e anche il catalizzatore) per il solito discorso relativo alle emissioni inquinanti (da contenere già all'avvio).
Magari è già €5.

potrebbe anche essere, ma se in pochi secondi diventano incandescenti, di cosa sono fatti, di carta stagnola?

Scusate... dove è posizionato il catalizzatore? La carburazione non può essere magra in prima accensione..
Potrebbe che in accensione sia grassa e il catalizzatore continua a lavorare quello che non fa la fase di scoppio del motore il primo catalizzatore dove è posto?

Se si appoggia leggermente la mano, ma attenzione, su un catalizzatore di un motore che non si avvia risulta caldissimo anche dopo i primi cicli