Mah, sinceramente l'unica spiegazione che mi viene in mente al momento è a causa della sostituzione dello scarico.. A volte può capitare che con gli scarichi aftermarket si perda un pò di coppia ai bassi regimi.

Accorciando lo scarico ha perso tiro ai bassi...è normale che sia cosi'
Avrai invece acquistato un po di spinta in alto.
se vuoi tenerti questo scarico la soluzione è sempre la solita centralina (pc3 rapid bike) con messa a punto al banco (visto il grosso buco di erogazione di cui parli sarà difficile trovare il giusto setup senza rullare)

quoto tolgia

ma occhio anche allo stato d'usura delle candele e allo stato del filtro aria


(attenzione ai distributori di benzina "acquosi"...l'acqua uccide l'iniezione!)