Il disco può essere storto, non mi viene in mente altro, certo che però sono strane le vibrazioni che arrivano alla leva, anche perché se non tocchi la leva questa non potrebbe fare altro che stare ferma Guarda che se intendi delle vibrazioni a bassi giri sono normali, spesso i 125 sono molto svuotati ai bassi regimi, dipende da come è costruito il motore, dunque alesaggio, corsa, numero di cilindri ecc.
Le tacchette che hai fotografato sono quelle del forcellone e servono in modo che, quando si deve registrare la catena, si abbiano dei punti di riferimento per la destra e la sinistra del forcellone, non ho capito che cosa vuoi sapere a riguardo .
La corona e la catena sembrano a posto, forse sono solo un po' sporchi (i denti della corona sono particolarmente neri e sulla catena ci sono molti residui), se vuoi sapere se sono tesi abbastanza metti qualche foto dell'intera trasmissione.
Quel rumore mi lascia molto perplesso, se dici che non sono le valvole io andrei a dire catena di distribuzione e/o qualche relativo ingranaggio, credo che ci sarebbe da smontare il carter per vedere, anche se io comunque non avendo mai fatto cose del genere non ti potrei nemmeno consigliare

Beh se si presenta solo vicino al collettore di uno dei due cilindri a me verrebbe da pensare alla valvola di scarico di uno dei due cilindri.......è ovvio che sia strano visto che i motori honda sono resistentissimi, però sinceramente non saprei che altro pensare, forse ci sarebbe da aprire e vedere se le valvole, le punterie e la catena di distribuzione sono a posto......certo che però è strano, a soli 9000km

Senz'altro è meglio farla vedere, per poi poter evitare l'effetto a catena che nei 4 tempi porta a distruggere vari pezzi per il difetto di uno solo........conta che avendola presa usata non conosci bene il suo passato