di solito, se monti uno scarico completo, che molto probabilmente elimina anche il catalizzatore, l'iniezione non riesce ad adeguare la carburazione, e visto che le centraline originali sono difficilmente riprogrammabili, va montata una centralina aftermarket, tipo power commander e simili.

Però in quel caso avrebbe la carburazione magra, sicuramente si troverebbe un'erogazione scorbutica e perdita di cavalli a medi regimi, ma mi sembra difficile possa causare vuoti e singhiozzi a gas aperto.
Per il resto mi auguro caldamente che se il vecchio proprietario ha messo su uno scarico racing completo abbia avuto il buon senso di rimappare (centralina originale o aggiuntiva che sia), sennò l'unica cosa che ha ottenuto è stata una perdita di prestazioni ed un consumo maggiore del motore.

Mi è sembrato di sentire qualche scoppio in quel momento ma non ne sono certo.

Lo ha fatto quando è iniziato il vuoto o quando è finito? perché nel primo caso potrebbe essere dovuto al filtro benzina sporco o problemi alla pompa della benzina, nel secondo è più probabile che sia un problema di accensione e che il vuoto sia derivato da una mancata accensione della miscela (candele? Bobine?)